1、尼欧被一个叫火车人的程序困在母体和现实世界之间，然后莫菲斯等人把他救了出来，他们一起去找到关键人物，然后尼欧见到了造物主，得知了母体和锡安的许多真相尼欧拒绝了重建锡安的任务，去救了崔尼提乌贼对锡安展开了攻击。
2、事实上，尼奥的身体在真实世界的飞船上处于昏迷状态，他的思维却被困在一个“中空”地带那里既不是母体，也不是机器占领的真实世界这个地方叫Mobile Avenue Train Station，显然是个火车站，不过是梅罗纹奇的势力范围因。
3、影片讲述了一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵征途的故事黑客帝国百。