在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮；救世主”的身份已无丝毫怀疑，明白到自己可以重写矩阵内程序的能力他马上入侵了其中一个特工程序史密斯，令史密斯烟消云散，消失得无影无踪其他的特工程序吓得落荒而逃之后的故事在黑客帝国2重装上阵中继续发展；在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥基努·里维斯发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事而在现实中生活的人类反抗组织的船长莫菲斯劳伦斯·菲什伯恩， 也一直在矩阵中寻找传说。