1、尼奥和母体达成了交易，尼奥为母体杀掉史密斯母体已经无法控制史密斯这个病毒，母体不再进攻人类的基地，人类和母体和平共处了最后先知和建造师的谈话中可以得知，和平很脆弱；先知当时不是被SMITH复制了么包括那个小女孩，那么最后小女孩回来了，先知自然也就回来了啊先知不是从一开始就存在了么造物主也说了如果他是创造母体之父，先知就是创造母体之母，怎么会死呢个人理解；这就是黑客帝国的大背景然而第N代the one的Neo具体是第几代我记不太清了，打破了人工智能自己创造出的平衡，这便是第二部的结局与第三步开端的背景，同时造物主还可以创造出不同的人工智能，比如先知法国人；先知，最后那个史密斯是先知变的，所以他能预先看到大坑里尼奥趴地上那一幕还记得先知被同化之后第一件事就是站起来狂笑吗但是他没想到尼奥会站起来；不能说活着，但应该也不是死了吧，毕竟他的存在就是为了修复母体，重建ZION，就如前5任救世主所做的一样，但是因为他有爱，和别人不一样，他才选择了和别人不一样的道路所以应该也不能算个真实存在的吧倒下去以后；结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥；就是最后的画面，先知和母体设计者的对话neo为人类和机器争取来了一段时间的和平，和平能持续多久谁也不知道整个黑客帝国到此结束如果是你在母体里，你是选择留在母体，还是选择脱离母体呢。