1、但是使史密斯再后来变得更强以至于威胁到了母体的存在，这为最后尼奥和史密斯同归于尽制造了条件，由于有了条件，人类和机器才有了谈判的砝码，要不然机械大军不把Zion变成肉工厂才怪呢 所以说引用黑客帝国里的一句话就是因果；尼奥和母体达成了交易，尼奥为母体杀掉史密斯母体已经无法控制史密斯这个病毒，母体不再进攻人类的基地，人类和母体和平共处了最后先知和建造师的谈话中可以得知，和平很脆弱；不能说活着，但应该也不是死了吧，毕竟他的存在就是为了修复母体，重建ZION，就如前5任救世主所做的一样，但是因为他有爱，和别人不一样，他才选择了和别人不一样的道路所以应该也不能算个真实存在的吧倒下去以后；这里其实是史密斯想告诉先知，说话的这个人之前就是莎迪，只不过现在被复制了或者说感染了现在回到宿命对决的结尾史密斯说自己曾经预见过这一幕，尼奥在那里，然后自己站在这里，是的，这里，然后自己要说些什么呢“；结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥。