neo和smith以正负方式相抵消都消失了，机器人停止了攻击人与电脑暂时取得了和平；结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥。
其实主要讲的是电脑与人之间的战斗，具有矩阵革命性的黑客帝国三部曲第三部黑客帝国3 矩阵革命，终将这部描述人类与机器之战的史诗影片带向高潮的结局锡安的军队，在志愿者泽诺拉基耶饰和基德克莱顿华生饰；就是最后的画面，先知和母体设计者的对话neo为人类和机器争取来了一段时间的和平，和平能持续多久谁也不知道整个黑客帝国到此结束如果是你在母体里，你是选择留在母体，还是选择脱离母体呢；因为，以电影里设置的人类的情况，自保已属不易，遑论反攻到地上了而且人类和机器已经有了一种很微妙的共生关系，人类在地底下能有何建树；黑客帝国的结局不是好不好的问题，而是“搞不搞得懂”的问题 黑客帝国的结局，其实是在模仿耶稣最后的结局因为在里面尼奥是新的救世主，救世主就是要牺牲自己，换取其他人的存活，这和耶稣最后的结局很相像但是。