因为尼奥有他的源代码，所以必须把尼奥干掉他们俩才能相互抵销。
为了保持方程平衡，建造者创造了尼奥和史密斯，两个极端参数，在给予人类选择的时候，也给了程序选择的权利当史密斯为了摆脱母体这个牢笼，想着将锡安摧毁就可以拥有自由，随着之后的剧情，却发现史密斯拥有了一定能力之后并不想。
先知告诉尼奥，现在只有他才能拯救虚拟和真实的世界，而史密斯是尼奥的反面，随后到来的一群史密斯侵入了先知锡安正遭到着机器的进攻，被困的逻各斯舰有了消息，米觉尼号带着尼奥一行去帮助尼俄柏这时，尼奥已经认识到自己应该做什么，于是要求。