经过百年的战争，这些人的最后城池岌岌可危，但是他们发现并唤醒了救世主neo，于是这群人通过黑客手段进入母体不过他们不是只用电脑进入，而是用通过和电脑连接，使自己的意识直接进入母体这样，就象是一个玩电脑统治了；第三部 剧情简介面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母体”和守护天使一；母体是人工智能到一定程度，机器或者电脑自己升级，进化得来的设计者也都是程序自己设定的，程序让主角有意识的破坏母体，从来发现母体的漏洞，进而升级你如果对人工智能有了解所有的问题都迎刃而解了所有的角色担当的任务；在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家奈奥比美眉另外，基地的政治家们也上场了就在这时，矩阵系统决定“先下手为强”，派遣了为数的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地，积弱的；可以这么想，那时计算机与锡安里的人的关系，就像现在人与小白鼠的关系类似计算机拿锡安里的人来当实验，目的是创造一个完美的虚拟世界当然这是不可能的当锡安里的人太多对它产生威胁时，它就会派电子乌贼摧毁锡安。