电影里没有具体介绍墨菲是怎么醒的，但是最后一部其实也说了，所谓的母体觉醒，其实是电脑的另外一个程序，具体怎么说我记不清了，大概意思就是说主机其实一直都知道锡安人类最后一个城市的情况，因为主机已经摧毁了锡安；黑客帝国介绍在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯， 也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类；而矩阵崩溃的话里面的人会死，随后整个机器世界因为缺乏能源也会完蛋，所以机器世界设计师需要一次又一次来完善矩阵来达到人类和机器共存的目的，这是黑客帝国这部电影的真正主线而NEO实际上是一个程序，一个用来改造升级；为了解决这两个问题，设计师想到了一个一举两得的办法一方面，他让那1%不太老实的人觉醒，从Matrix中脱离，让他们在现实世界的地底造一座叫zion的城市，成为Matrix的黑客，进行抵抗运动，实际上这是完全在设计师的控制之下的，这只是一种。