1、此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地墨菲斯尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥；设定围绕的是艺术表达，而非艺术表达围绕设定在新的矩阵中，是以尼奥和崔尼蒂两个人作为核心来启动的，所以崔尼蒂在新的矩阵中和尼奥一样都是拥有超高权限的救世主在4中为什么尼奥不会飞而崔尼蒂会飞无论是三部曲；换句话说，史密斯其实就是病毒，而尼奥也与母体进行了交易，帮它将病毒消灭，从而实现和平可以说，在第三部中，无论是救世主还是母体，其实都是一个双赢的结局，因为母体完成了重载，解决了内部的隐患，而史密斯作为救世主；第三部讲述了在黑客帝国系列电影最后一集中，延续上集黑客帝国2重装上阵的故事，并揭晓机器与人类的最终命运面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥；奈奥比虽然不相信先知的话，但她开始相信尼奥，把自己那艘最快的logos号飞船借给了尼奥和崔妮蒂，而自己和墨菲斯乘坐Hammer号回锡安没想到偷偷醒来的班恩溜进了Logos号，一场激战过后，班恩的肉身死去，尼奥身受重伤历经重重机器大军的堵截。