Neo和Smith是一对相反体，如正负数一样，所以当Smith开始复制Neo后就产生了相互抵消的效果，最后系统将他们都删除了然后完成了最后一次升级，Neo可以说是死了，从生理角度上说的话。
结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥。
虽然眼睛被弄瞎了，但是他身为救世主的能力被完全激发，得以冲破机器帝国的重重封锁，争取到与一个与机器帝国谈判的机会，史密斯就是因为尼欧的力量才衍生出来的，可以理解为是一中在母体里肆意妄为的病毒，而尼欧就是他唯一的。
尼奥Neo最后死掉了他用自己的牺牲换取“真实世界”短暂的和平与安宁电影里一再交代，只要拔下插头就会死掉那个机器帮他把插头拔掉他和同化的“史密斯”一起消失黑客帝国3矩阵革命The Matrix Revolutions。
因为尼奥在和史密斯最后的决战中，成功的复制了史密斯的代码，然后进行了删除，因此成功的结束了战争在黑客帝国3中，尼奥借由救世主不分世界的超能力成功进入机械城市，但崔妮蒂在此牺牲尼奥进入机器城市后，与身为机器。
合体到母体里了，可以说是死了也可以说还活着。
无所谓“死”不死的 NEO本来也是程序的一部分 工程师创造了NEO用于matrix的自动升级 matrix全三集的内容都是在构建一个计算机虚拟世界 影片到最后交代自始至终都没有真正的人类和人类世界的出现 Zion也是只程序的一部分。
一场大战之后，守护天使病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获锡安的局势越来越危险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现。
1在黑客帝国1中，史密斯杀死了尼奥，然后尼奥杀死了史密斯，在这里出现了逻辑错误史密斯不可能被已经死了的尼奥杀死，电脑无法修复这个错误，导致史密斯无法被杀死只有尼奥再次被杀死，逻辑错误才解除，电脑才能删除史密斯。
最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现最终先知和尼奥共同拯救了人类经典的黑客帝国系列完结。
而尼奥与前任们不同的是，建筑师在他的意识中编写了关于爱的编码，这本来是系统处于不断升级的需要，也是考察人类反应的新实验但这个关于爱的编码，不但导致了尼奥在第二集中做出违背程序设置的选择，而且在第三集中将“。
电影最后没有明确答复，不过先知对小女孩说我们还能再见到尼奥不过我认为即使他没死，系统的下一任救世主也将不是他了。
在黑客帝国系列电影最后一集中，延续上集黑客帝国2重装上阵的故事，并揭晓机器与人类的最终命运面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥的身体和思想。
pwd=x594 上一部结尾，尼奥基奴李维斯 饰终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂凯莉·安·摩丝 饰。
尼奥中枪后能够生还，完全是因为他本身就是一个救世主，他可以掌控自己生命的存在，即使中枪仍然可以复活生与死都由他自己来主宰这一点在黑客帝国第三部中已经做了明确的交代，没有看过第三部影片的小伙伴们可以去看看。
总之，他的目的和尼奥一样，是取得自己的自由 但是，史密斯的目的是邪恶的，他希望摧毁所有威胁他的人类和机器世界，他的自由只是自己的自由四史密斯为什么可以复制自己 黑客帝国二里面有一段尼奥和一百多个史密斯对决的。