就是尼欧已被史密斯感染了，但当母体中只有一个角色时母体就可以删除他，之前尼欧跟机械大帝有了条件，所以他牺牲了自己，换取了人类与机器的和平片尾是母体中刷新后的四个高级人物，祭师要求工程师放了所有的克隆人，于是。
在黑客帝国里面，把虚幻的世界，比如成程序的话，那么尼奥等于是这个程序的备份文件，是整个程序的缩小版，所以能随意使用整个程序，或者说整个世界就是他自己所以他是救世主而史密斯最初是这个程序的防火墙或者说是杀毒软件。
史密斯 也就是那个可以复制别人成为自己的人 已经成为一个病毒 威胁到网络世界 而尼奥是他的另一个极端，只有让他们两中和 才能删除他们的代码 从而消灭史密斯 机器为了消灭史密斯 尼奥为了拯救人类 于是就达成协议 尼奥。
Neo和Smith是一对相反体，如正负数一样，所以当Smith开始复制Neo后就产生了相互抵消的效果，最后系统将他们都删除了然后完成了最后一次升级，Neo可以说是死了，从生理角度上说的话。
但是使史密斯再后来变得更强以至于威胁到了母体的存在，这为最后尼奥和史密斯同归于尽制造了条件，由于有了条件，人类和机器才有了谈判的砝码，要不然机械大军不把Zion变成肉工厂才怪呢 所以说引用黑客帝国里的一句话就是因果。