结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥。
从尼奥和先知的对话中知道架构师不仅不理解爱，更不理解选择，所以架构师不理解为什么尼奥宁可做出会毁灭人类的“错误”决定也要救崔妮蒂尼奥的选择终结了矩阵升级锡安毁灭重建的循环，但却迎来了另一个问题，如果尼奥不进入。
矩阵”的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵征途的故事以上内容参考百度百科黑客帝国。
最终尼奥选择了自我牺牲，清除了病毒史密斯，同时，机器大军撤军，锡安得以保留，矩阵承诺带给所有人真相主要指仍然在矩阵中的未觉醒的人类，母体迎来了耀眼的日出注意，在这个过程中，尼奥的爱人崔妮蒂也阵亡了。
对局是母体利用尼奥诱骗史密斯侵入尼奥的身体，将母体中最大的BUG消灭了 而尼奥为了拯救现实中的人类，利用这样的机会与母体达成协议，牺牲自己帮助母体消灭史密斯，母体承诺不再对付人类就这样。
尼奥使用自己在虚拟世界里面的神奇力量将崔尼蒂复活，即利用代码里面的漏洞消除了子弹对崔尼蒂的伤害，使之复活但是由于这次对虚拟世界代码的篡改，导致代码的混乱，尼奥自己陷入了一个困局也就是第三集里面一开始时尼奥。
黑客帝国的结局，就是母体史密斯尼奥全部系统崩溃被删除史密斯在剧情中，类似一个叛逆的程序，就像病毒一样可以无限复制，母体无法对其进行控制就像我们的电脑系统，无法独立直接删除病毒一样而在大结局中，尼奥和史密斯。
尼奥Neo最后死掉了他用自己的牺牲换取“真实世界”短暂的和平与安宁电影里一再交代，只要拔下插头就会死掉那个机器帮他把插头拔掉他和同化的“史密斯”一起消失黑客帝国3矩阵革命The Matrix Revolutions。
可以说，在第三部中，无论是救世主还是母体，其实都是一个双赢的结局，因为母体完成了重载，解决了内部的隐患，而史密斯作为救世主，也让母体进行让步，不再一味强硬地去控制人类此外，根据已经公布的片名黑客帝国4矩阵。
黑客帝国2重装上阵实际上，整个重装上阵是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由在上集打败史密斯雨果·维文饰救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起。
然后，在现实中与尼奥去见机器大帝时，由于飞船坠毁，崔妮蒂被钢筋透体壮烈牺牲了，但是脑袋没破，这样精神与肉体被机器给捡了在黑客帝国4里，尼奥和崔妮蒂都被机器控制了，机器发现让他俩保持特定距离能够产生极为可观的。
虽然眼睛被弄瞎了，但是他身为救世主的能力被完全激发，得以冲破机器帝国的重重封锁，争取到与一个与机器帝国谈判的机会，史密斯就是因为尼欧的力量才衍生出来的，可以理解为是一中在母体里肆意妄为的病毒，而尼欧就是他唯一的。
二十一世纪初，AI即人工智能出现，之后一直发展形成各种机器人，人类开始奴役机器人，终于有一天，有个即将被主人销毁的机器人产生意识，杀死了要销毁他的主人这是第一台产生意识的机器人，相当于猴子进化成有思考能力的人类。
而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯劳伦斯·菲什伯恩饰， 也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂凯莉·安·摩丝饰的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实。
影片讲述一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵的征途1。
20年前的第一集中，neo和mophes的穿越时空的对谈，如今通VR头盔，都能实现了，导演对于世界观的解释，才是此系列值得看反复看，反复回味的核心剧情介绍 故事承接黑客帝国3矩阵革命，尼奥和崔妮蒂将以某种方式复活。
