最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现最终先知和尼奥共同拯救了人类经典的黑客帝国系列完结。
后来你看到他死而复生而且能随意复制自己，也就是他这个程序变异成病毒的结果其实开始身为黑客并在一家电脑公司工作的尼奥也是意识被控制了生活在虚拟世界的人，后来吃了墨菲斯的一颗药丸后这药丸能使人的意识脱离程序的。
这开头又是一个开始，例如宇宙的形成的开头，就是宇宙大爆炸，既然这个事情有了开头，那么他有一定会有结尾结尾就是这个事情一切都结束的时间这句话从字面意思上来，讲就是一切事情都有开始也有终止的时候。
结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生尼奥将带领锡安基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗，还人类以自由之身实际上，整个黑客帝国2重装上阵是尼奥探寻自己使命背后真相的过程。
黑客帝国的结局不是好不好的问题，而是“搞不搞得懂”的问题 黑客帝国的结局，其实是在模仿耶稣最后的结局因为在里面尼奥是新的救世主，救世主就是要牺牲自己，换取其他人的存活，这和耶稣最后的结局很相像但是。
同时Smith主动拒绝衲删除，为了向尼奥复仇找到了自我复制的方法，甚至成功将自己复制到了一个人类的意识上并取代了他，这也是机械越来越有人性表现，人进化的同时机械也在进化，二者的界限越来越模糊结尾尼奥与机械世界达成一致。
