结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥；Neo和Smith是一对相反体，如正负数一样，所以当Smith开始复制Neo后就产生了相互抵消的效果，最后系统将他们都删除了然后完成了最后一次升级，Neo可以说是死了，从生理角度上说的话。
因为尼奥在和史密斯最后的决战中，成功的复制了史密斯的代码，然后进行了删除，因此成功的结束了战争在黑客帝国3中，尼奥借由救世主不分世界的超能力成功进入机械城市，但崔妮蒂在此牺牲尼奥进入机器城市后，与身为机器；最后尼奥是故意牺牲自己的他被史密斯复制了后释放了自身的代码，这样机器老大或者说是梅区克斯就了解了代码，了解代码就能强制删除了，所以所有史密斯都被删除了这之前梅区克斯想删除史密斯，但不知道他升级后的代码所以。
黑客帝国3为什么尼奥打不过
1、黑客帝国的结局，就是母体史密斯尼奥全部系统崩溃被删除史密斯在剧情中，类似一个叛逆的程序，就像病毒一样可以无限复制，母体无法对其进行控制就像我们的电脑系统，无法独立直接删除病毒一样而在大结局中，尼奥和史密斯。
2、无所谓“死”不死的 NEO本来也是程序的一部分 工程师创造了NEO用于matrix的自动升级 matrix全三集的内容都是在构建一个计算机虚拟世界 影片到最后交代自始至终都没有真正的人类和人类世界的出现 Zion也是只程序的一部分。
3、在黑客帝国系列电影最后一集中，延续上集黑客帝国2重装上阵的故事，并揭晓机器与人类的最终命运面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥的身体和思想。
4、虽然眼睛被弄瞎了，但是他身为救世主的能力被完全激发，得以冲破机器帝国的重重封锁，争取到与一个与机器帝国谈判的机会，史密斯就是因为尼欧的力量才衍生出来的，可以理解为是一中在母体里肆意妄为的病毒，而尼欧就是他唯一的。
5、合体到母体里了，可以说是死了也可以说还活着。
6、尼奥Neo最后死掉了他用自己的牺牲换取“真实世界”短暂的和平与安宁电影里一再交代，只要拔下插头就会死掉那个机器帮他把插头拔掉他和同化的“史密斯”一起消失黑客帝国3矩阵革命The Matrix Revolutions。
7、黑客帝国3结局解析如下黑客帝国3以主要人物尼奥史密斯双双衰亡，整个系统崩溃为结局结局中史密斯感染了尼奥设下的病毒，机器大帝因此掌握了删除史密斯和尼奥方法，最后尼奥进入矩阵注入了大量的删除代码，导致尼奥的。
可惜高兴不到3秒，尼奥史密斯先生就自爆了原因是就我上面想要表达的，史密斯因尼奥存在而存在，现在1没有了，自然就不会有1了因此史密斯的死，依然是母体再平衡机制的结果黑客帝国3矩阵革命The Matrix；史密斯感染先知的场景很明显，先知变成的史密斯强于其他史密斯显然的一点就是在打群架的过程中主角暴打史密斯，但和最后一个史密斯实力相当因此最后出现的史密斯就是先知被感染后变成的在史密斯被消灭此时史密斯不是个体或。
生与死都由他自己来主宰这一点在黑客帝国第三部中已经做了明确的交代，没有看过第三部影片的小伙伴们可以去看看，非常精彩很多前两部中大家不理解的地方，在第三部中都有很好的诠释尼奥是这部影片的主角，怎么可以；其实主要讲的是电脑与人之间的战斗，具有矩阵革命性的黑客帝国三部曲第三部黑客帝国3 矩阵革命，终将这部描述人类与机器之战的史诗影片带向高潮的结局锡安的军队，在志愿者泽诺拉基耶饰和基德克莱顿华生饰。