结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥。
终于，尼奥找到了崔妮蒂，但是分析师也同时赶到 请点击输入图片描述 现在的矩阵有了更可怕的控制力，可以让时间短暂倒退以及静止 原来当年在尼奥消灭了史密斯之后，矩阵为了研究尼奥和崔妮蒂，治疗好了崔妮蒂和尼奥的伤势，并进行各种折磨。
在黑客帝国4里，尼奥和崔妮蒂都被机器控制了，机器发现让他俩保持特定距离能够产生极为可观的能量供给，这样他俩的精神体被撞上程序外壳，互相不认识但又有接触在尼奥觉醒后，他要把崔妮蒂也要唤醒，而崔妮蒂被矩阵安排。
对发现的ldquo真理rdquo，他们也会有不同程度的执著，比如对于墨菲斯崔妮蒂和尼奥三个主角，表面上他们都执著寻找救世主这个真理，但对墨菲斯来说，他真正想要的答案是找到能结束战争的武器对于崔妮蒂来说，她真正。
尼奥等人发现原来他们一行人中的赛佛出卖了他们赛佛回到真实世界后，将仍在矩阵的队友逐一杀死，但在准备杀死尼奥时，被另一队友坦克所杀坦克之后成功唤回尼奥和崔妮蒂为了唤醒墨菲斯，尼奥决定和崔妮蒂再次进入矩阵经过。
设定围绕的是艺术表达，而非艺术表达围绕设定在新的矩阵中，是以尼奥和崔尼蒂两个人作为核心来启动的，所以崔尼蒂在新的矩阵中和尼奥一样都是拥有超高权限的救世主在4中为什么尼奥不会飞而崔尼蒂会飞无论是三部曲。
一天，一名名叫崔妮蒂的女黑客自称受著名黑客墨菲斯委托联系他，并向他透露“矩阵”正在寻找他，第二天尼奥即被三名黑衣人带走，并被植入了一种监控装置后来墨菲斯和他见面，并询问尼奥是否想知道矩阵的真相在尼奥表示。