为了解决这两个问题，设计师想到了一个一举两得的办法一方面，他让那1%不太老实的人觉醒，从Matrix中脱离，让他们在现实世界的地底造一座叫zion的城市，成为Matrix的黑客，进行抵抗运动，实际上这是完全在设计师的控制之下的，这只是一种。
墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母体”和守护天使一起寻找他截止到2020年6月黑客帝国没有拍第四部。
在整部片中，让我不知不觉地跟着导演提前设计好的路线走，顺得剧情的发展起伏跌宕，而且每次都能恰到好处二黑客帝国矩阵重生再续前缘，继续展开机械大战黑客帝国矩阵重生是第二部的故事延续，在第二部的。
黑客帝国的结局是尼奥和史密斯双双被机器删除，机器撤回电子乌贼大军，人类迎来了和平但我有几个疑问，机器使用了人作为能源，而控制这些人的手段是距阵，在尼奥和建筑师对话能看到，锡安只 黑客帝国的结局是尼奥和史密斯双双被机器删除。
大编剧也不完美，还是在一些地方出BUG编剧最大死因是话多所以，矩阵只能错误百出，编剧才能推进剧情，否则，编剧惨了，大家想一下这个画面，一旦写了一个生活富足的背景，鬼才去救主人公回来，躺平不爽吗左手马爹利。
1在黑客帝国1中，史密斯杀死了尼奥，然后尼奥杀死了史密斯，在这里出现了逻辑错误史密斯不可能被已经死了的尼奥杀死，电脑无法修复这个错误，导致史密斯无法被杀死只有尼奥再次被杀死，逻辑错误才解除，电脑才能删除史密斯。