他们把尼奥和崔妮蒂蒂芙尼设计成互相倾慕而不可得的关系，让两人之间“爱”的能量永远处于满值却又不溢出对系统造成危险的状态做矩阵的情感劳工两人如同视频网站上做夸张反应的up主或为女主播刷火箭的观众，连结似有若无，不。
从尼奥和先知的对话中知道架构师不仅不理解爱，更不理解选择，所以架构师不理解为什么尼奥宁可做出会毁灭人类的“错误”决定也要救崔妮蒂尼奥的选择终结了矩阵升级锡安毁灭重建的循环，但却迎来了另一个问题，如果尼奥不进入。
而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯劳伦斯·菲什伯恩饰， 也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂凯莉·安·摩丝饰的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实。
剧情影片是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由在上集打败密探史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点。
第三部讲述了在黑客帝国系列电影最后一集中，延续上集黑客帝国2重装上阵的故事，并揭晓机器与人类的最终命运面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥。
面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母体”和守护天使一起寻找他最后。
