第三步，设计师告诉救世主实情，并把电厂以外的全部人类杀死，然后让救世主重新插回电厂，利用他所携带的代码也就是他自己学到的知识给整个黑客帝国升级，第四步，救世主在电厂中选几十个男童和女童回到现实世界，从新建立。
在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮。
先知随着对人类的研究逐渐理解并拥有了人类的情感，这是与同为程序的架构师最大的不同，先知想要终结机器与人类的战争并因此创造出了尼奥和史密斯最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类。
黑客帝国3矩阵革命在黑客帝国系列电影最后一集中，延续上集黑客帝国2重装上阵的故事，并揭晓机器与人类的最终命运面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“。
没有人类的思维产生的这些所谓的错误，机械自己发展很快就灭绝了我认为，机械的灵魂来源于人类，没有人类了，机械必然灭亡其实导演最初并不是想把矩阵帝国解释成发电厂的，但又怕观众听不懂，才解释成发电厂。
想着消灭这些非法程序，最后就剩下史密斯这个最大的程序史密斯已经变成病毒了，可以毁灭人类和母体建筑师让史密斯复制尼奥，进而一举删除史密斯和尼奥，机器世界得到进化黑客帝国黑客帝国是由华纳兄弟公司发行的系列。
因为每一次被毁灭后都会有救世主领导重建，再次发展继续拯救被“种植”的人类，然后自然而然就会有纯人类出现了。