结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥。
但是使史密斯再后来变得更强以至于威胁到了母体的存在，这为最后尼奥和史密斯同归于尽制造了条件，由于有了条件，人类和机器才有了谈判的砝码，要不然机械大军不把Zion变成肉工厂才怪呢 所以说引用黑客帝国里的一句话就是因果。
黑客帝国的结局是尼奥和史密斯双双被机器删除，机器撤回电子乌贼大军，人类迎来了和平但我有几个疑问，机器使用了人作为能源，而控制这些人的手段是距阵，在尼奥和建筑师对话能看到，锡安只 黑客帝国的结局是尼奥和史密斯双双被机器删除。
尼欧突然就打赢了史密斯，和他的身份有关史密斯的“生”第一部最后尼奥觉醒，变成the One ，最后关头通过进入史密斯的身体，篡改了史密斯的程序，认为消灭了史密斯然而在第二部，当尼奥惊讶地发现史密斯并没有死，反而更。
是的，这就是电影的结局先知随着对人类的研究逐渐理解并拥有了人类的情感，这是与同为程序的架构师最大的不同，先知想要终结机器与人类的战争并因此创造出了尼奥和史密斯最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对。
最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现最终先知和尼奥共同拯救了人类经典的黑客帝国系列完结。