在上集打败史密斯雨果·维文饰救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点锡安基地第三部讲述了在黑客帝国系列电影最后一集中，延续上集黑客。
逃离了矩阵，这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中 黑客帝国2重装上阵实际上，整个重装上阵是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由在上集打败史密斯雨果·维文饰。
故事的大概情节就如六楼所言，但是如果第一部几个关键点没搞清楚的话，整个故事确实是很难理解的我想谈谈我对看黑客三步曲后的认识其实整个故事的背景时间是在22世纪，也就是说电影中真正的人类已经是22世纪的了电。
影片讲述了一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵征途的故事黑客帝国是。