影片讲述了一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵征途的故事黑客帝国是。
在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥基努·里维斯饰发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯劳伦斯·菲什伯恩饰， 也一直在矩阵中。
这一点，与黑客帝国电影的背景不无相似之处是人类创造了计算机技术，并在其协助下实现自身的发展，但当技术失控而反噬人类时，人们则陷入了狼狈不堪的境地，并试图去反抗人们的创造力是无限的，但无论如何，被创造。
