是意念实际上安锡并非现实世界，所以尼奥仍然可以用意念所谓“现实”的锡安城虽然对立于母体，但却并非现实，而是程序世界的另一虚拟此外，尼奥分别与先知和“黑客帝国之父”进行的深奥对话中，关于尼奥的特异性和锡安城；在现实世界中，“尼布甲尼撒号”飞船被机器乌贼击毁，尼奥他们在机器乌贼的追击下仓皇逃命正在这个时候，尼奥忽然感到事情有些不一样，他在现实世界中也具有了矩阵虚拟世界中的超能力，仅仅用手就阻止了机器乌贼然后他就昏了过去，留给观众。
1电子国的大脑，所以可以控制乌贼2病毒也存在于那个电子国的大脑中，如果任其发展，就会让电子国都over，所以大脑派尼欧去消灭史密斯3母体里的所有人都成为了电脑人，就相当于把所有人的力量都集中在了一个人身上；系统本身是想以毒攻毒，用尼奥去消灭史密斯，所以也能解释得通尼奥为什么在系统里那么厉害，除了自身天赋外，也是系统给他加了很多buff，以至于现实世界中即使尼奥眼睛瞎了也可以感知系统的一切设备而这种能力最高权限是可以；有评论说锡安也就是所谓”真实世界“也是一个虚拟的世界，所以尼奥这种能力在锡安同样能存在 一句就是他能阻止机械章鱼，能预测未来，能看到你说的那个火，史密斯能入侵人脑在母体中他就经常占用人脑，在他还是特工；所以才有最后1集的人类基地的被毁灭，但是尼奥与中枢达成了协议，重建了世界虚拟的，最后先知又复活出现就说明世界被重建了所以说，尼奥张开手杀死了虚幻空间2中的乌贼，而不是在真实世界里杀的，乌贼也是虚幻的。
对的 普遍解释这是因为电影中的现实世界不一定是真的现实，也就是说是另一个层面的虚拟世界电影中尼奥把现实看成数据流也是暗示；楼上的是盗版那是我的文章所谓“现实”的锡安城虽然对立于母体，但却并非现实，而是程序世界的另一虚拟此外，尼奥分别与先知和“黑客帝国之父”进行的深奥对话中，关于尼奥的特异性和锡安城的产生与六次毁灭。
但是当你要删除的文件太多，也是要花很长时间，而这个时间段里，足够大量的乌贼杀死你了，所以最后尼奥与乌贼大军对抗的时候，说了一句“他们太多了”，然后跑到云层上面去了另外，主程序也不可能给予锡安子民更高的权限；包括我自己比较赞成的一种说法，是锡安是matrix外的一个matrix，意思是锡安的人生活在另一个更大的matrix中，neo在这个世界同样可以有超能力~。
黑客帝国锡安是虚拟的尼奥在锡安还能控制乌贼，明明脱离母体却还是有超能力众所周知，尼奥只能在母体内当救世主，他是母体内最大的bug构造师说过，尼奥是所有bug的集合，到了现实世界他就是人，人怎么可能会控制机械；第二集的结尾是尼奥在现实的人类世界中他们的飞船没电了，后面有机器乌贼在追他们，尼奥感觉自己在现实世界中能用意念来摧毁机器乌贼，在同时摧毁了三个乌贼的时候，尼奥突然晕了过去，回到飞船后，检测出他现在生理状态跟进入了；如果你看了 生化危机3也一定会奇怪主人公在现实生活中的超能力 其实那是一种生物波，如同第六感一样这是生物波的概念 你可以如此理解 Neo的超能力 生物波是自生物信息场产生，并由生物体自行放射的波谱根据科学仪器；尼奥能停止那些电子章鱼，是尼奥领悟了第二个虚拟世界的代码的缘故，这也就解释了为什么第三部中尼奥眼睛瞎了，依然能感知事物从头到尾，人类都被机器控制着，尼奥他们所奋斗的所谓现实世界，其实是机器为了防止那些将要觉醒；首先你得知道，锡安也是一个虚拟的世界从尼奥能在锡安挡住电子乌贼以及能预测未来和在黑客帝国3中尼奥使命后仍然能看到另一个世界可以看出，而且史密斯还侵入了一个人的人脑，史密斯在母体中就可以随便占用人脑，这都能看出。