而到后期，尼欧成长为可以通过脑电波控制“乌贼”死机，权限已经由母体内转到真实世界的机器帝国瞎了以后，他确实是看不到东西的，但是可以感应到和程序有关的代码黑客帝国有点故意将剧情设置成一种玄之又玄的关系。
这里我们才真正看到电影所要表达的两个平行世界“生前世界”和“死后世界”不用“真实世界”这样的名称是因为相信大家都知道庄周梦蝶的故事，这和“黑客帝国”“寂静岭”等片很类似 在死后的灵异世界里，JESS会有时空错乱所。
有~当彩蛋在右上角出现的时候，按暂停键，再按开始，就进入其他内容了。
有的，在电影中，角色亲口表达了对于华纳兄弟希望重启黑客帝国系列决策的困惑与无奈电影末尾的彩蛋里，几名角色讨论该如何制作黑客帝国4时，干脆表示“现在宠物短视频这么火，还不如拍个猫猫帝国”内地上映5。
整个黑客帝国三部曲，由Neo角度来看，只有最后通过Neo大战Smith，救了机器人们一把，没看出人类对 AI 有毛线用 而 Smith 还是半个Neo 复制出来的 这活脱脱就像一个巨大的阴谋一个高级解释建筑师在片尾。
