因为尼奥有他的源代码，所以必须把尼奥干掉他们俩才能相互抵销。
为了保持方程平衡，建造者创造了尼奥和史密斯，两个极端参数，在给予人类选择的时候，也给了程序选择的权利当史密斯为了摆脱母体这个牢笼，想着将锡安摧毁就可以拥有自由，随着之后的剧情，却发现史密斯拥有了一定能力之后并不想。
先知告诉尼奥，现在只有他才能拯救虚拟和真实的世界，而史密斯是尼奥的反面，随后到来的一群史密斯侵入了先知锡安正遭到着机器的进攻，被困的逻各斯舰有了消息，米觉尼号带着尼奥一行去帮助尼俄柏这时，尼奥已经认识到自己应该做什么，于是要求。
可惜高兴不到3秒，尼奥史密斯先生就自爆了为何原因是就我上面想要表达的，史密斯因尼奥存在而存在，现在1没有了，自然就不会有1了因此史密斯的死，依然是母体再平衡机制的结果母体之所以之前无法消灭史密斯其原因与。
先知随着对人类的研究逐渐理解并拥有了人类的情感，这是与同为程序的架构师最大的不同，先知想要终结机器与人类的战争并因此创造出了尼奥和史密斯最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类。
