却说他不是救世主，而同时，莫菲斯的一个属下叛变，他们被电脑人困住，为了救出尼欧，莫菲斯被擒，尼欧决定营救莫菲斯，跟崔尼蒂两人成功将他救出来，但在最后的逃亡中，尼欧被电脑人抓住，并被打死，然后崔尼蒂在现实中吻。
电影最后没有明确答复，不过先知对小女孩说我们还能再见到尼奥不过我认为即使他没死，系统的下一任救世主也将不是他了。
最后尼奥是故意牺牲自己的他被史密斯复制了后释放了自身的代码，这样机器老大或者说是梅区克斯就了解了代码，了解代码就能强制删除了，所以所有史密斯都被删除了这之前梅区克斯想删除史密斯，但不知道他升级后的代码所以。
最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡 尼奥死了后，系统恢复到了以前黑客帝国1的时候，但系统不再升级，机器帝国撤回了机器军队，人类免于毁灭那么也不。
100年来就没舰船靠近那，第三部里也就尼奥过去谈判才去，最后也是飞船毁，老婆亡那么第一部里莫斐斯那帮人是怎么把尼奥的肉体接上船的，还有尼奥醒了后那个机器去帮他把身上的插头拔掉了，机器人完全不作为啊。
因为说他是救世主，他人生的最终目的是拯救整个锡安，所以不是不会死的，也就是说他可以选择自己的命运，是生是死自己决定，看到第三部就知道了。