1、出去的只有3艘船，他们是去找先知的，后来墨菲斯的那艘炸掉了，而NIOBE的船给了NEO，还有很多船当时是留在ZION里的，但是由于SMITH提前发动了EMP，所以导致别的船的电力系统都瘫痪了，没有用了，所以最后只有靠HAMMER的那。
2、3，neo要去机器都市，奈欧比相信了先知的话两艘船会分道扬镳，给了neo她的气垫船，但是万一奈欧比不相信先知，neo只能跟着他们回老家了 4，neo和小崔去机器都市，乌贼要杀小崔，按机器的计划，小崔和榔头号的黑客一。
3、原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥的大脑被烧毁直接死亡，而史密斯及其复制品也在源源不断的删除代码中得以删除。
4、在努曼诺尔陆沉以后已经没有其他的办法能够抵达不死之地，只能搭乘精灵的船朝着ldquo笔直航线rdquo才可以抵达阿门洲此地也是精灵族的终焉之地，中土世界上绝大多数的精灵都难以忍受中土世界日渐的腐朽与衰退，只能赶往。
5、听说过刘慈欣写过的全频道阻塞么那是敌我同归于尽的手段，不逼到最后一刻不会随便使用的，即使黑客帝国里的飞船频繁地使用，他们也是先关闭自己的所有电子系统后再开启电磁脉冲，以避免自己飞船的损坏，但在整个基地内部使用。
6、所以每次发射电磁波的时候飞船都要熄火第三部时候有叛徒提前释放电磁波，导致锡安防线溃败，也是这个原因第二部结尾的时候，乌贼电磁波范围以外的地方发射炸弹，让墨菲斯一船的人无法抵抗，只能弃船逃跑。
7、与此同时，在真实世界的墨菲斯翠妮蒂与Logos号飞船的奈奥比会合了，当然，还有那位被洗脑夺体的班恩翠妮蒂他们从“先知”那里知道了尼奥的现状，在守护天使的带领下，去找梅罗纹奇要人，喜欢享受的阿梅那时正和佩瑟芬在他。
8、他们一方面要抵抗机器的入侵，一方面也想拯救那些被催眠的同类经过百年的战争，这些人的最后城池岌岌可危，但是他们发现并唤醒了救世主neo，于是这群人通过黑客手段进入母体不过他们不是只用电脑进入，而是用通过和电脑连接。
9、剧情漏看了吧，当时出动了两艘船去搜索墨菲斯的船，一共有三艘流落在外，其馀，基地里的所有船，都被史密斯同化的那个家伙破坏了，锡安内并没有可以释放电磁波的船又因为这东西敌我无差别攻击，在基地内使用就会使所有的。
10、在上集打败密探史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点锡安基地在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起3黑客帝国3矩阵革命梗。
11、黑客帝国三部曲，实在是一个庞大的体系，三言两语是说不清楚的，而对于很多相关知识缺乏或者没有的人来说，看懂黑客系列是个比较艰难的过程所以，先写下这个序 序不仅是为黑客系列涉足为深者准备，也是为所有喜欢黑客系列的人准备的。
12、neo和smith以正负方式相抵消都消失了，机器人停止了攻击人与电脑暂时取得了和平。
13、Neo和Smith是一对相反体，如正负数一样，所以当Smith开始复制Neo后就产生了相互抵消的效果，最后系统将他们都删除了然后完成了最后一次升级，Neo可以说是死了，从生理角度上说的话。
14、尼奥在眼睛瞎了以后是可以看到付在贝恩身上的史密斯的，而不是贝恩先知最终揭示了史密斯的真正的由来，是建筑师建立平衡机制的一个产物，是尼奥的负面这也解释了史密斯越来越强大甚至超过母体控制的原因，正因为尼奥的发展。
15、是太阳，由于人类在第二次机械复兴中烧毁了天空有一种特殊涂料遮住太阳，以消减阳光来阻止机器人获得太阳能在黑客帝国动画片中有再加上地面有机器人，所以导演用她从未真实见过的太阳来象征和平与自由。