The One，莫非斯对此深信不疑，他找到了他认为就是救世主的那个人尼奥Neo，于是第一集的真正主角登场了，那么如同所有故事片一样，有了正面人物就必须要有反面人物，第一集的反面人物就是 Matrix 中维持秩序的特工Agent，他们。
菲什伯恩 Nebuchadnezzar号飞船上的船长他和他的船员的使命是保护人类最后的城市锡安，并将其他人从矩阵中解救出来一直在寻找尼奥，并坚信尼奥就是救世主他在锡安很受欢迎，但在矩阵的特工眼里是一名被通缉的恐怖分子。
黑客帝国中尼奥在现实世界中有超能力是因为先知告诉他救世主的能力并不仅限于矩阵中，而是可以联系到机器城的源代码特工史密斯通过人类反叛军成员的大脑进入真实世界，随后尼奥在真实世界与史密斯搏斗，被史密斯烧坏了眼睛，但却。
在黑客帝国里面，把虚幻的世界，比如成程序的话，那么尼奥等于是这个程序的备份文件，是整个程序的缩小版，所以能随意使用整个程序，或者说整个世界就是他自己所以他是救世主而史密斯最初是这个程序的防火墙或者说是杀毒软件。
黑客帝国里，NEO尼奥不教其他人超能力只教会了他们胆大妄为，是因为尼奥只拥有较高的权限，并没有超能力，而且这种权限只能被赋予，而不能赋予别人尼奥手撕乌贼，是因为拥有“删除”这种权限，而不是乌贼被设定为不能。
在黑客帝国系列电影最后一集中，延续上集黑客帝国2重装上阵的故事，并揭晓机器与人类的最终命运面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥的身体和思想。
因为母体和尼奥是同生共死的整体，尼奥的存在对母体来说是一种威胁只能把尼奥收于麾下，才能解除危险，最后在黑客帝国4中，母体还是棋差一招，被救世主尼奥所歼灭，拯救人类于水深火热当中三黑客帝国4救世主。
黑客帝国锡安是虚拟的尼奥在锡安还能控制乌贼，明明脱离母体却还是有超能力众所周知，尼奥只能在母体内当救世主，他是母体内最大的bug构造师说过，尼奥是所有bug的集合，到了现实世界他就是人，人怎么可能会控制机械。