1、由于战力相差悬殊，眼看人类就要灭族，救世主尼奥the One以彻底清除史密斯变异病毒为条件，要求机器大军撤军，与人类维持和平尼奥自认为最终与机械达成共识，在母体内部与史密斯发生激烈战斗最终尼奥选择了自我牺牲，清除了；黑客帝国里，NEO尼奥不教其他人超能力只教会了他们胆大妄为，是因为尼奥只拥有较高的权限，并没有超能力，而且这种权限只能被赋予，而不能赋予别人尼奥手撕乌贼，是因为拥有“删除”这种权限，而不是乌贼被设定为不能；SMITH说不公平是因为他明明杀死了NEO，结果却因为自己的代码被主机获得而导致要被删除，所以才说不公平NEO死了，最后可以看到他被机器带走了设计师是创建母体的人，而先知，她自己也说了，她是为了破坏平衡，她就是为了。
2、尼奥在第二部造物主房间就明白了所有，但是他不得不选择牺牲，最后的和平只是暂时的，随着母体bug例如白色双子星一类的超能者越来越多，还会有尼奥出现，然后像个木偶一样继续被牺牲，手打完毕；这是生物波的概念 你可以如此理解 Neo的超能力 生物波是自生物信息场产生，并由生物体自行放射的波谱根据科学仪器鉴定，人体放射的生物波波段为 3～45微米，而生物波功能材料所反射之生物波波段集中在4～20微米，与人体。
3、这样，史密斯被基本杀绝，而尼奥在精神和肉体上惨遭重创，落入机器手里黑客帝国4里，尼奥的精神在矩阵里被控制了，但作为超能者来说，他的精神力发电量极为巨大，机器可舍不得毁了尼奥但对于超能者来说总是要觉醒恢复；其实很简单，之所以有超能力是因为尼奥是电脑系统中的一个漏洞，就是微软不断的要求下载补丁要补的那个东西，因为他是漏洞，所以他就拥有这个系统中其他程序所没有的权限，也就是表现出来的能飞什么的而那些特工就是杀毒。
4、利用尼奥的被束缚尼奥的觉醒真实世界的危机唤醒崔妮蒂下一部反抗矩阵这个故事脉络，几乎会被所有的黑客帝国影迷所诟病但公允的说，本片的科幻设置，还是有亮点的，比如墨菲斯的分子人，比如子弹时间比；20年前的第一集中，neo和mophes的穿越时空的对谈，如今通VR头盔，都能实现了，导演对于世界观的解释，才是此系列值得看反复看，反复回味的核心剧情介绍 故事承接黑客帝国3矩阵革命，尼奥和崔妮蒂将以某种方式复活；值得一提的是，虽然目前还没有明确的消息表明，黑客帝国4会有怎样的故事，因为到目前为止，这部电影的故事仍然是一个迷，尽管电影会以某种方式，涉及到原版人马的回归，尤其是对于尼奥来说，因为他在第三部电影中牺牲了；恩，就是他一开始也不知道自己是什么救世主啊，但是有一次在紧要关头他让大乌贼停止了运动重重的落在地上，然后他也晕倒了之后他就知道自己在现实中也能用超能力了_总之这个人物的形象是很高大的。
5、墨菲斯没死，变成了程序流程得到储存，并且还根据一种方法遮盖到一个特工程序流程的身上，造成一个特工倒戈，这一倒戈特工名称叫阿诗丹顿巴格斯第一眼看见的外观设计实际上并并不是尼奥，反而是另一个人，暗示着尼奥的；根据上部影片的结局来看，救世主复活绝非偶然尼奥的躯体并没有被毁灭，预示着尼奥终究会复活卷土重来，为后面的人类与电子机械大战的开展作铺垫二黑客帝国4救世主复活，承上启下前情回顾，在人机博弈过程中，史密斯被；1黑客帝国4剧情主线解析梳理 2黑4中部分剧情问题解析 1矩阵还存在吗？为什么矩阵还会继续存在？机器反悔了？ 2年轻版的墨菲斯从哪来的？ 3为什么矩阵中的场景会实时反映在尼奥制作的游戏中？ 4为什么一直找不到尼奥，花；不得不说，就爱情的场景描绘，许多影评人都认为黑客帝国4超越了前几部电影尤其是尼奥和崔妮蒂的爱情故事许多影评人认为，他们之间的爱情的方式，在好莱坞大片中是很少见的我相信，就黑客帝国4的幕后工作人员。
6、黑客帝国4里面的矩阵和前三部的矩阵不是相同设定，要按照新矩阵的规则来推测设定围绕的是艺术表达，而非艺术表达围绕设定在新的矩阵中，是以尼奥和崔尼蒂两个人作为核心来启动的，所以崔尼蒂在新的矩阵中和尼奥一样都。