最终尼奥选择了自我牺牲，清除了病毒史密斯，同时，机器大军撤军，锡安得以保留，矩阵承诺带给所有人真相主要指仍然在矩阵中的未觉醒的人类，母体迎来了耀眼的日出注意，在这个过程中，尼奥的爱人崔妮蒂也阵亡了。
三是重启，打破原有的故事结构，去讲一个新的故事不过由于目前影片在拍摄中，所以我们不能够准确的判断黑客帝国4会有怎样的剧情，不过目前看来还是十分值得期待的第1部黑客帝国在1999年上映，当时可以说是开创了。
黑客帝国讲述一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵的征途剧情简介在。
当黑客帝国3于2003年上映后，大家都以为这是黑客帝国系列的最终电影，不曾想，在20年之后，导演又推出了黑客帝国3续集黑客帝国4第四部作品黑客帝国4的故事剧情承接了黑客帝国3，不仅两大主角。