黑客帝国的结局，就是母体史密斯尼奥全部系统崩溃被删除史密斯在剧情中，类似一个叛逆的程序，就像病毒一样可以无限复制，母体无法对其进行控制就像我们的电脑系统，无法独立直接删除病毒一样而在大结局中，尼奥和史密斯。
先知想要终结机器与人类的战争并因此创造出了尼奥和史密斯最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现最终先知和尼奥共同拯救了人类。
然而在第二部，当尼奥惊讶地发现史密斯并没有死，反而更强大且具有近乎无敌的复制能力但是尼奥并没真正意识到史密斯是自己的黑暗面或者说是反面化身直到尼奥在第三部中求教先知才得知答案让我们整理下Architect与先知说过。
因为尼奥在和史密斯最后的决战中，成功的复制了史密斯的代码，然后进行了删除，因此成功的结束了战争在黑客帝国3中，尼奥借由救世主不分世界的超能力成功进入机械城市，但崔妮蒂在此牺牲尼奥进入机器城市后，与身为机器。
先知叫尼奥回到源头去终止灾难，在数学逻辑中就是将歌德尔命题变成整个系统的一部分，当作系统的一个变量，从而消除整个系统的不确定性如果尼奥当初选择了毁灭锡安的门，他所携带的代码将反馈给系统，将系统的稳定性提高到一。
因为这个逻辑错误是由尼奥导致的，所以特工史密斯就变成了和尼奥相对的负极最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡 尼奥死了后，系统恢复到了以前黑客帝国1。
墨菲斯一行人进入母体去见先知，先知告知他们尼奥被困于火车人的空间中需要他们的帮助才能脱困，先知吩咐泽拉夫协助墨菲斯营救尼奥基本信息 黑客帝国2重装上阵是2003年上映的科幻动作电影，是莉莉·沃卓斯基，拉娜·沃卓斯基。
在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥基努·里维斯发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事而在现实中生活的人类反抗组织的船长莫菲斯劳伦斯·菲什伯恩， 也一直在矩阵中寻找传说。