按照剧情设定，尼奥当时没在锡安也没有在矩阵里边，而是处在了中间地带，是个车站还遇见了两个控制程序以及他们的孩子所以尼奥进入母体的时候是真人设定进入的，在里面就是血肉之躯，所以会流血关于尼奥的超能力，因为。
锡安是模仿现实世界所构造的，应该说和现实世界一样，但是依然是虚拟世界，那些人也依然是沉睡中的，其实现实世界从头至尾都没出现尼奥能停止那些电子章鱼，是尼奥领悟了第二个虚拟世界的代码的缘故，这也就解释了为什么第三。
黑客帝国中尼奥在现实世界中有超能力是因为先知告诉他救世主的能力并不仅限于矩阵中，而是可以联系到机器城的源代码特工史密斯通过人类反叛军成员的大脑进入真实世界，随后尼奥在真实世界与史密斯搏斗，被史密斯烧坏了眼睛，但却。
尼奥Neo，于是第一集的真正主角登场了，那么如同所有故事片一样，有了正面人物就必须要有反面人物，第一集的反面人物就是 Matrix 中维持秩序的特工Agent，他们不是真正的人类，他们完完全全是由机器编写的程序，有点像防火墙或者说入侵。
Matrix是一个建立在数学基础上的严整系统，一切都是有规律的，包括特工们和尼奥的超能力在内，都是包含在这个系统中的而尼奥这个“救世主”的产生，则和数学中的哥德尔命题有关奥地利数学家哥德尔在1931年发表了题为论lt数学原理及。
经过激烈的搏斗之后，他们终于成功救出墨菲斯虽然莫菲斯和崔妮蒂成功回到真实世界，尼奥却被特工史密斯杀死此时真实世界中的崔妮蒂深深的吻了他，尼奥随即复活，并具备了救世主的特殊能力，例如挡子弹和飞行等等他马上入侵了。