影片讲述了一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵征途的故事黑客帝国是。
而另一类则是自由程序，它没有载体，诸如再特工先知建筑师梅罗文加火车人等 Matrix是一个巨大的网络，连接着无数人的意识，系统分配给他们不同的角色，就象电脑游戏中的角色扮演游戏一样，只是他们没有选择角色。
他们一方面要抵抗机器的入侵，一方面也想拯救那些被催眠的同类经过百年的战争，这些人的最后城池岌岌可危，但是他们发现并唤醒了救世主neo，于是这群人通过黑客手段进入母体不过他们不是只用电脑进入，而是用通过和电脑连接。
类似于对讲机的东西，只能接收听不能传话。
6SPAS12尼奥和崔妮蒂闯入大楼时，警察守卫拿的武器 7M16A2尼奥和崔妮蒂闯入大楼时，警察守卫拿的武器 8M134“火神”机枪尼奥坐直升机救墨菲斯时使用，打死了一个特工控制的警察 9汤普森冲锋枪黑客2里梅罗。
电影黑客帝国中史密斯是因为杀毒程序，所以被矩阵赋予了超越常人的能力电影黑客帝国系列中的特工史密斯一开始就是矩阵这个程序世界中的一个普通的杀毒程序，其职责和其他特工一样就是负责清除对矩阵有害的物体进入。
