在真实世界的墨菲斯翠妮蒂与Logos号飞船的奈奥比会合了，当然，还有那位被洗脑夺体的班恩翠妮蒂他们从“先知”那里知道了尼奥的现状，在守护天使的带领下，去找梅罗纹奇要人，喜欢享受的阿梅那时正和佩瑟芬在他管辖的。
经过百年的战争，这些人的最后城池岌岌可危，但是他们发现并唤醒了救世主neo，于是这群人通过黑客手段进入母体不过他们不是只用电脑进入，而是用通过和电脑连接，使自己的意识直接进入母体这样，就象是一个玩电脑统治了。
在黑客帝国3最后战役里，奇洛里维斯饰演的主角尼奥，为了保卫心爱的人与最后净土“锡安”，他和墨菲斯崔妮蒂与锡安军队，倾全力抵抗母体机械大军的侵略，战火不仅遍及深在地底的锡安，还向上直冲地表值得一提的是。
电影中的佩瑟芬极其性感迷人，虽然她本身没有感情，但是只要她接触了某人，就会立刻感知对方的内心世界 可以说，梅罗纹奇和佩瑟芬就象母体里的吸血鬼夫妇，优雅而致命在 整部续集中，他们都和NEO他们纠缠不清，而这两人之间也是彼此勾心。
