可是，“母体取经”的道路注定是凶险多端的在寻找母体系统内唯一知道系统弱点的“制钥者”的过程中，尼奥墨菲斯和崔妮蒂遇到了前所未有的困难黑客帝国3矩阵革命在黑客帝国系列电影最后一集中，延续上集。
是“矩阵之母”在电影中，机器帝国集结了乌贼大军攻打真实世界仅存的人类城市锡安城Zion，锡安城内的人类拼死抵抗，但最后仍是兵败如山倒而电脑人史密斯Agent Smith进化成为更高等的电脑病毒，几乎占领了整个矩阵。
其实主要讲的是电脑与人之间的战斗，具有矩阵革命性的黑客帝国三部曲第三部黑客帝国3 矩阵革命，终将这部描述人类与机器之战的史诗影片带向高潮的结局锡安的军队，在志愿者泽诺拉基耶饰和基德克莱顿华生饰。
第三部讲述了在黑客帝国系列电影最后一集中，延续上集黑客帝国2重装上阵的故事，并揭晓机器与人类的最终命运面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥。
黑客帝国3结局解析是尼奥通过让史密斯感染自身从而让母体得到了其源代码，母体通过源代码删除了史密斯尼奥已经被删除了，他不应该在消失之后又存在反杀史密斯，这种进化脱离了母体控制，导致母体没有史密斯的源代码，所以。
尼奥和母体达成了交易，尼奥为母体杀掉史密斯母体已经无法控制史密斯这个病毒，母体不再进攻人类的基地，人类和母体和平共处了最后先知和建造师的谈话中可以得知，和平很脆弱。
在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起3黑客帝国3矩阵革命梗概影片片承接第二集的故事，一场为寻找自由的的漫长惊世战争正式展开锡安的人们面临母体机械大军的入侵，人类也赌上所有武力，发动最大攻势。
